對團體票與補助款運用沒共識　高鐵與交通部爆合約爭議

因為在國旅團體票與海外行銷成本納基本費率交叉補貼上沒有共識，交通部無法接受高鐵將這些費用全部交由旅客買單，也不同意高鐵將須按比例繳回給國庫的額度，全數用在高鐵上，高鐵也因此與最大股東交通部爆發合約爭議。

根據媒體報導指出，2015年時高鐵經營出現問題、瀕臨破產，當時政府挹注300億元才脫離困境，但這也讓交通部變成高鐵最大股東，比例高達64%，此件事情也讓高鐵被視為「公有民營」企業。

後來交通部為了推動高鐵財務改善，高鐵與交通部簽訂新合約，將關係到票價的基本費率計算納入「法定優待票差額交叉補貼因子C1」，以此推出老人、兒童半價優惠成本，後續透過交叉補貼來彌補，另外也有「離峰、通勤及特定旅運需求等差別定價調節因子C2」。但近期傳出，高鐵期望將海外行銷票價與假期團體票等成本也納入C2中，交通部認為高鐵此舉會將所有行銷成本都轉移至全票的票價上，因此遭到交通部打槍，目前傳出高鐵打算提列合約爭議。

除此之外，先前交通部曾與高鐵議定，當每年年度獲利逾40億時，須按比例提撥回饋金到政府的「平穩機制專戶」，累積逾100億元，超額的部分就交給政府鐵道發展基金，交通部依法將相關基金用於推動鐵道產業安全發展上，但高鐵認為，該筆費用應繼續用於高鐵發展上

，對交通部如此作法不服，高鐵也為此多次發文給交通部，針對2起案件提列合約爭議，同時要求成立協調委員會，如屆時協調不成，高鐵將可依照機制走仲裁路線。

而交通部則回應，不論是交叉補貼的C2，或是平穩機制專戶的使用，都是在當初簽署的營運合約中有詳細記載，均屬於交通部基於鑄管機關的行政作為，且交叉補貼項目是交通部的行政裁量權，並非是屬於合約範圍內。目前交通部不認為此2案是爭議項目，不需要透過成立爭議協調委員會來進行裁量。